科学网如何成为顶级生物信息学家



前几天去南京参加两年一度的全国大会CCBSB2014,今年是第六届,见到许多熟识的前辈和老朋友,也结识了不少新朋友。相比于两年前在哈尔滨开的第五届大会,参会人数又多了100多。连大会特邀报告算上,总共76位学者做口头报告,其中30位学者我之前并不认识,这个比例正好是40%。领域里的大会小会,无论何时、何地,总有约40~50%的学者我不认识,这个比例近年来恒定不变,咱生信领域发展速度之快,由此可见一斑。70多位学者的报告所涉及的研究方向,大概至少有60多个,两位或者多位学者从事一个小的研究方向的现象,非常少见。昨晚和有11年交情的好友一起吃饭,大家回忆十年前国内生信开大会的场景,想了半天庆华来一句:那会儿大家好像没啥可以做的,哪像现在这么多问题啊!所以咱生信领域现在真实的场景是:火打着,油门踩到底,档挂到顶,一望无际的荒原,使劲的狂奔,一往无前;有条件的开法拉利,没条件的开乐驰,实在没条件的蹬个三轮儿也行,反正地盘儿有的是,谁抢着算谁的。兄弟我对这一现象总结:圈地运动。讲这儿估计有人不高兴了:你们生信咋做的这么散呢?这个不是咱生信想做的散:问题实在太多,又不缺数据,自己感兴趣的问题都没解决,哪有时间管人家的东西啊?使劲儿的冲就得了。至于即将毕业,或者刚毕业的同行兄弟们,也别觉得没肉吃了,大家就算这么裸奔,也远没有涵盖生信所有的方向,并且一般一个小领域往少了说能容纳10位学者不算挤,那咱这领域的规模扩大10倍也照样容得下。所以咱在这儿说一句:欢迎加入圈地运动(要不改成“生信欢迎您”?)。

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讲完废话讲正事。话说八号晚上参会的学者们开了一个“青年沙龙”,形式很活泼,讨论了各种问题,其中忘记谁提了个问题,大致就是怎么评价生物信息学者的水平。大家七嘴八舌说了半天,最后Shirley做总结,众人一听,有道理。所以回来之后Shirley就写了篇博文《Levelsof Bioinformatics Research》,建议同行兄弟们读读,推荐指数五星。因为咱生信算是比较新的研究领域,又是交叉学科,一般来说正统搞计算的觉得你在方法上没贡献,搞生物的又觉得你其实也就是个修电脑的。话说到这,电话铃儿响了,二楼打电话让过去看一下电脑咋黑屏了。好嘛,蹬蹬蹬跑下楼,围着电脑琢磨了半天,明白了:插头没插紧。摆平,回办公室。因此交叉学科评价这是个问题,哪边儿都不讨好,给个酱油级的评价那已经算是给面子了。所以同行评议才合理,好在咱生信现在人也不少,建立同行评议的机制并不困难。兄弟我写博客属于踩西瓜皮式的写法,滑哪儿写哪儿,这篇咱尽量忠于Shirley的原文,不改主要的观点。

如何成为顶级的生物信息学家?看你的研究。所以Shirley将生物信息学研究(注意,不是生物信息学者本人)的水平划分成五个层次。此外,Shirley不区分生物信息学(Bioinformatics)和计算生物学(Computational biology),因此这两个概念不做区分。在这里咱再重复一遍,生物信息学和计算生物学的区别,就是西红柿炒蛋和蛋炒西红柿的区别,您要觉得有区别,那看我嘴型:呵呵。

0 (Level 0):为建模、而建模(modeling for modeling’s sake。简称:渣级。Shirley在博客里提到说“如果你记得功夫熊猫”,问题是我没记得这个,脑子里想的是《憨豆的黄金周》里那段nothing, nothing, nothing… 原博举的例子是,之前有人问:现在数据这么多,能建模的东西一大把,那我们该干点啥呢?Shirley就问:你想解决啥问题?答:建模的问题。这就像我坐电梯看见认识的研究生,说小伙最近忙啥呢?答:做水稻呢。继续问:具体研究的啥?不高兴了,诧异:研究水稻啊!然后给我解释了半天中国要研究水稻的必要性。我兄弟我每天吃米饭还固定要研究水稻三遍呢。原文解释,这个回答是OK的,如果科学家仅仅将自己当成数学家、统计学家、计算机科学家、物理学家,或者像我这样用嘴巴研究水稻的吃货,因为在这些学者各自的领域里,确实有许多好的理论建模问题。但如果这些学者是认真对待生物信息学的研究,这个回答不OK。许多0级生物信息学家们从来不读或者不发表生物学期刊上的论文,也不参加生物学的会议,因此这个级别属于“未入门级”。根据人以类聚,物以群分的原则,0级生物信息学家们通常只阅读自己或者其他0级生物信息学家的论文,并且,并且引用也是自引或者被同级别的学者引用。因此这类研究就是浪费资源。




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