人工智能“自己”定制新蛋白质



超越“阿尔法折叠” 人工智能“自己”定制新蛋白质

2022-09-19 科技日报 张梦然

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人工智能“自己”定制新蛋白质

语音播报

  在过去两年中,机器学习彻底改变了蛋白质结构预测。现在,《科学》杂志上的3篇论文描述了蛋白质设计方面的革命:华盛顿大学医学院生物学家的研究表明,机器学习可比以前更准确、更快速地创建蛋白质分子。科学家们希望这一进步将带来更多新的疫苗、疗法、碳捕获工具和可持续生物材料。

  论文资深作者、华盛顿大学医学院生物化学教授、2021年生命科学突破奖获得者大卫·贝克表示,蛋白质是整个生物学的基础,但迄今在每种植物、动物和微生物中发现的蛋白质,远不到所有可能蛋白质的百分之一。有了这些新的软件工具,研究人员应该能够找到解决医学、能源和技术方面长期挑战的方案。

  为了超越自然界中发现的蛋白质,贝克团队成员将蛋白质设计的挑战分解为3个部分,并为每个部分使用新的软件解决方案。

  首先,必须生成新的蛋白质形状。在《科学》杂志上稍早发表的论文中,该团队设计人工智能(AI)通过两种方式生成新的蛋白质形状:第一种称为“幻觉”,类似于基于简单提示就能产生输出的工具;第二种称为“修复”,类似于现代搜索栏中的自动完成功能。

  其次,为加快这一过程,团队设计了一种生成氨基酸序列的新算法。15日发表的论文描述了这个名为ProteinMPNN的工具,运行时间约为1秒,比以前最好的软件快200多倍。它不但结果优于以前的工具,还不需要专家定制即可运行。

  第三,该团队使用“深度思维”公司开发的“阿尔法折叠”来独立评估他们提出的氨基酸序列是否可能折叠成预期的形状。

  研究人员表示,预测蛋白质结构的软件是解决方案的一部分,但它本身无法提出任何新的东西。ProteinMPNN之于蛋白质设计,就像“阿尔法折叠”之于蛋白质结构预测。

  在另一篇论文中,贝克实验室的一个团队证实,新机器学习工具的组合能可靠地生成在实验室中起作用的新蛋白质。

  研究发现,新制造的蛋白质更有可能按预期折叠,因此可使用这一方法创建非常复杂的蛋白质组装体。“这是蛋白质设计中机器学习的开端。”贝克说。


  在过去两年中,机器学习彻底改变了蛋白质结构预测。现在,《科学》杂志上的3篇论文描述了蛋白质设计方面的革命:华盛顿大学医学院生物学家的研究表明,机器学习可比以前更准确、更快速地创建蛋白质分子。科学家们希望这一进步将带来更多新的疫苗、疗法、碳捕获工具和可持续生物材料。
  论文资深作者、华盛顿大学医学院生物化学教授、2021年生命科学突破奖获得者大卫·贝克表示,蛋白质是整个生物学的基础,但迄今在每种植物、动物和微生物中发现的蛋白质,远不到所有可能蛋白质的百分之一。有了这些新的软件工具,研究人员应该能够找到解决医学、能源和技术方面长期挑战的方案。
  为了超越自然界中发现的蛋白质,贝克团队成员将蛋白质设计的挑战分解为3个部分,并为每个部分使用新的软件解决方案。
  首先,必须生成新的蛋白质形状。在《科学》杂志上稍早发表的论文中,该团队设计人工智能(AI)通过两种方式生成新的蛋白质形状:第一种称为“幻觉”,类似于基于简单提示就能产生输出的工具;第二种称为“修复”,类似于现代搜索栏中的自动完成功能。
  其次,为加快这一过程,团队设计了一种生成氨基酸序列的新算法。15日发表的论文描述了这个名为ProteinMPNN的工具,运行时间约为1秒,比以前最好的软件快200多倍。它不但结果优于以前的工具,还不需要专家定制即可运行。
  第三,该团队使用“深度思维”公司开发的“阿尔法折叠”来独立评估他们提出的氨基酸序列是否可能折叠成预期的形状。
  研究人员表示,预测蛋白质结构的软件是解决方案的一部分,但它本身无法提出任何新的东西。ProteinMPNN之于蛋白质设计,就像“阿尔法折叠”之于蛋白质结构预测。
  在另一篇论文中,贝克实验室的一个团队证实,新机器学习工具的组合能可靠地生成在实验室中起作用的新蛋白质。
  研究发现,新制造的蛋白质更有可能按预期折叠,因此可使用这一方法创建非常复杂的蛋白质组装体。“这是蛋白质设计中机器学习的开端。”贝克说。
  

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责任编辑:侯茜

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